Am besten isst man beim Granatapfel die saftigen, roten Samenmäntel mitsamt den kleinen Kernen. Dafür die Frucht zunächst waschen, die Krone abschneiden und die Schale entlang der hellen Trennhäute vorsichtig einritzen. Anschließend lässt sich der Granatapfel in mehrere Stücke brechen, ohne die Kerne stark zu beschädigen.
Die roten Kerne lassen sich mit den Fingern vorsichtig aus den einzelnen Fruchtstücken lösen. Besonders praktisch ist das Entkernen in einer Schüssel mit Wasser: Die saftigen Kerne sinken meist nach unten, während viele helle Häutchen oben schwimmen. Diese können entfernt werden. Danach die Kerne in einem Sieb abtropfen lassen.
Granatapfelkerne schmecken pur, im Müsli, über Salaten oder als fruchtige Ergänzung zu herzhaften Gerichten. Die kleinen inneren Samen sind essbar und können mitgekaut werden. Die feste äußere Schale und die bitteren weißen Trennhäute werden dagegen nicht mitgegessen. Frisch ausgelöste Kerne sollten kühl aufbewahrt werden.